NCIS enquêtes spéciales

Une explosion tue le secrétaire de la Marine Clayton Jarvis et blesse l'ancien directeur du NCIS Tom Morrow. Gibbs se rend à Téhéran afin de rencontrer un informateur. L'équipe, privée d'insignes, découvre que quelqu'un essaie de les éliminer un par un et se retrouve au Navy Yard. Alors que McGee tente de découvrir l'origine de la bombe, Tony essaie de retrouver Ziva, partie en Israël, afin de la protéger.

Comme l'équipe a perdu la trace de Ziva en Israël, Tony se rend sur place pour la retrouver. Pendant ce temps, Gibbs et les autres tentent de découvrir quelle est la cellule terroriste qui semble déterminée à éradiquer l'équipe.

Une bombe explose dans l'appartement d'un lieutenant. L'individu, qui n'y était heureusement pas, est introuvable. L'équipe apprend que l'homme ambitionnait de devenir pilote, mais qu'il n'y est pas arrivé. Gibbs et son équipe imaginent alors que celui-ci a lui-même placé l'engin.

L'équipe mène l'enquête sur le décès d'une femme soldat. Mais Gibbs et ses hommes découvrent qu'en fait, la jeune femme a trouvé la mort quelques années plus tôt alors qu'elle était en mission. Il s'avère donc que la victime qu'ils ont sur les bras a pris l'identité de celle décédée plus tôt.

L'équipe est chargée de l'enquête sur le meurtre de l'officier Wells. Cette mission s'annonce périlleuse pour DiNozzo, qui, très tracassé par la disparition de Ziva, n'a pas fermé l'oeil depuis plusieurs jours. Pendant ce temps, Delilah, du Département de la Défense, tente de faire croire à Anthony qu'elle a été embauchée dans l'équipe.

Jethro et son équipe collaborent avec Abby Borin, garde-côte, pour résoudre un décès qui s'est produit durant l'explosion d'une plate-forme pétrolière. Ils doivent découvrir qui a provoqué l'explosion. Pendant ce temps, avec l'approche d'Halloween, quelqu'un dans le bâtiment de la police prend un malin plaisir à faire des blagues à tout le monde.

Alors qu'il est sur les lieux d'un cambriolage qui a mal tourné, Gibbs reçoit un appel l'informant qu'un accident de voiture vient de se produire, dans lequel son père est impliqué. Heureusement, celui-ci est indemne. Profitant de la présence de son fils, Jackson lui propose de l'accompagner pour aller rendre visite à un pote, Walter Beck, qui lui sauva la vie durant la Seconde Guerre Mondiale, et qui vit ses dernières heures.

L'équipe du NCIS enquête sur l'assassinat d'un quartier-maître avec délit de fuite survenu sur une base militaire. Elle soupçonne rapidement le sergent Justin Dunne dont la voiture porte des traces de la victime. L'ancien agent Carrie Clark, aujourd'hui avocate, s'occupe de la défense de Dunne et affirme que son alibi est solide. Parallèlement, McGee s'inquiète du comportement étrange de Tony.

Lorsqu'un manquement à la sécurité interne oblige les bureaux du NCIS à passer en mode blocus, une puce informatique ultra-perfectionnée découverte dans le stylo de Porter, Ministre de la Marine, est identifiée comme responsable du bug. Accordant à Porter le bénéfice du doute, Gibbs et ses hommes rencontrent Ellie Bishop, analyste à l'Agence de Sécurité Nationale, qui avait elle-même prédit l'imminence de l'incident dans un livre.

Alors qu'elle s'apprête à signer les papiers de son affectation au NCIS, Ellie Bishop doit faire ses preuves dans sa première mission aux côtés de Gibbs et de l'équipe. Un Marine assassiné est retrouvé avec le portable de l'amant de Diane Sterling, l'ex-femme de Gibbs et Fornell.

A l'approche de Noël, le NCIS est mobilisé sur une épidémie frappant des enfants de Marines. Alors que les cas se multiplient rapidement, Abby fait équipe avec Carol Wilson, une amie de longue date travaillant au Centre de recherche de la Marine, pour identifier la maladie et trouver un traitement tandis que le reste de l'équipe recherche l'auteur de ce qui semble être un acte de bio-terrorisme.

Un Marine, pilote et spécialiste des drones, est abattu par un drone contrôlé par un groupe terroriste et qui pourrait servir à plus grosse échelle. Dans cette enquête, Gibbs doit collaborer avec Hollis Mann, son ex petite amie du département de la Défense. Par ailleurs, McGee hésite à accompagner sa fiancée Delilah Fielding à un gala réunissant les plus hauts responsables du renseignement.

Au chevet de Delilah, McGee lui apprend que l'attentat terroriste, dont Parsa est responsable, a fait six morts et 22 blessés. C'est un nouveau choc pour la patiente dont l'état empire. Elle est conduite immédiatement en salle d'opération. Toujours sur les traces du sinistre Parsa, Gibbs et ses hommes pistent plusieurs de ses acolytes, grâce à certains indices récoltés suite à l'attaque du drone.

Le meurtre d'un représentant des autorités portuaires livre à l'équipe certains indices sur les allées et venues de Parsa, car Gibbs et ses hommes sont toujours sur les traces du sinistre terroriste. Pendant ce temps, Bishop confie à ses collègues de quelle manière elle a jadis collaboré avec l'insaisissable malfrat.

Un accident de la route a eu lieu, et l'on découvre dans la camionnette de boulanger impliquée tout un chargement de fusils d'assaut de l'armée. Dépêchée sur les lieux, l'équipe de Gibbs trouve également dans la fourgonnette des gilets pare-balles non conformes. Le temps presse car il faut à la fois localiser le fabricant et le reste des vestes déjà expédiées.

En état de légitime défense, Tony doit faire usage de son arme de service contre un individu louche portant un uniforme de commandant. Abby identifie la victime comme étant Nick Bodeen, célèbre détective privé très prisé des VIP. Tandis que Tony est mis sur la touche par les affaires internes qui ont ouvert une enquête sur la fusillade, le reste de l'équipe s'interroge sur la raison du déguisement de Bodeen.

Après qu'une bombe ait explosé dans une loge durant les répétitions d'un concert de charité, avec pour victimes un sous-officier et un portier, l'équipe du NCIS est appelée pour mener l'enquête. Lorsqu'ils apprennent que la loge en question était destinée au célèbre guitariste Manheim Gold, l'artiste est mis en détention par mesure de protection.